>すみません、「自分でdefaultを指定する必要があるのでは」というアドバイスの部分が理解できません。
言葉足らずですみません。
こういった形でSQLでカラムを追加する際、DEFAULTを指定する必要があるのでは無いかと思い、コメントしておりました。

ALTER TABLE `dtb_category` ADD `hogehoge` INT NOT NULL DEFAULT '0';

ただ、Categoryエンティティのhogehogeに何もセットされていない = null でDBに格納されたのだと思いますので、
senjyuさんの対応が正しいかと思います。

create_dateやupdate_dateカラムについては、
DoctrineのEventSubscriberクラスを継承して利用しているようで、
/src/Eccube/Doctrine/EventSubscriber/SaveEventSubscriber 内に色々記述されているようです。

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