サーバーのエラーログが見れるのであれば、エラーを見て、一つ一つパスの設定を直していくしかないかと思います。
実際にサイトを見ていないので、何とも言えないのですが、
レイアウトが崩れているのは管理画面だけで、フロント側は問題無いのでしょうか？

もし、ドメインの公開ディレクトリが指定できるのであれば、デフォルトのまま、/htmlを指定したほうが良いと思います。
私の経験や知識不足かと思いますが、Eccube3を利用して、/htmlを取り除いて、完全にうまく動かせたことが無いので・・・。

テンプレートを変更したり、プラグインを入れた時など予期せぬ挙動をする事があり、
/htmlを変更したことによる不具合なのか、自分のカスタマイズの不具合なのか、原因の切り分けが出来なくなり、泥沼にハマッてしまいそうな気がします。

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株式会社シロハチ
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