セッションの受け渡しがうまくいっていないようです。
xreaの掲示板にsession/が使われていないバージョンのため新バージョンをインストールしたら問題なくなったとの書き込みもありました。
今迄受注管理で入金済みなどクリックした場合、別ウィンドウが立ち上がり表示されていたものも表示されなくなりました。
DBを確認してみましたがECCUBE側のようなのでセッション関係をあたりましたがわからずじまいです。
何か方法は無いでしょうか？

例えば新しいバージョンを新規インストールする場合ですが
既存のデータベースのバックアップとEC-CUBEの商品写真などがアップされているupload/をそのまま移行できるのでしょうか･･･？

本日発送もあるので手に負えなくなり困りました･･･

現在の.htaccessは以下のとおりです
AddHandler application/x-httpd-php5cgi .php
php_value mbstring.language Japanese
php_value output_handler mb_output_handler
php_flag mbstring.encoding_translation 1
php_flag magic_quotes_gpc 0
php_flag session.use_cookies 0
php_flag session.use_trans_sid 1

php_value mbstring.internal_encoding UTF-8

php_value upload_max_filesize 5M

php.iniに以下
php_flag magic_quotes_gpc 0