割り込んですみません。
EC CUBE2.3.3をインストールしました。
皆様と同じようにエラーが出ています。
（500 Internal Server Errorですが）

tonton様の言われるようにcsvファイルの書き換えから

オリジナルはエディタで開くと文字化けしているので
まずはデータの入手
http://www.post.japanpost.jp/zipcode/dl/kogaki.html
からCSVデータをダウンロード（全国一括）
エディタで開き文字変換（半角カナ=>全角カナ）
全ての『~』を『-』に置き換えUTF-8で保存。

この時に気づいたのですが、、
csvデータ自体がめっちゃくちゃ曖昧ですね。

まず半角=>全角変換の作業も、できたり出来なかったり。
よく見ると濁点の所がまちまちであったり、『"何とか町"』
の記述が『"何とか茶 』（<=半角スペースが右にあり。）
探すときりがないです。

という状態なので、何度もやらないと登録出来ないと思います。
登録された所で、間違ったデータが格納されるはずです。
修正されたデータがあればエラーも無く通ると思うのですが、
どなたかシェアして頂けないでしょうか？

あと、DB登録時にmtb_zipのテーブルを覗いたんですが
でかいデータの割りにインデックスの定義がされていない
ようなのですが、これで良いのでしょうか？

＊質問と要望でよくわからない文ですみません。

----------------
バックアップを忘れずに！

環境
EC-CUBE：2.3.3
OS：Linux
DB：MySQL 5.0.22 UTF-8
WEB：Apache/2.0.52 (Red Hat)
PHP：4.3.9