>取り込み時に PHP (EC-CUBE) 側で変換処理すれば、事前処理なしでインポートできるようになるといった感じですかね？

それができればベストですね。

データ自体が18Mちょいあるので、インポートの途中で
切れてしまうのは当然かと思いますが、、
デフォルトの状態だとphpでインポートできるデータは
2Mほどだったような気がします。（間違いなら済みません）

自分は一旦mtb_zipを空にしてから、
都道府県別にダウンロードしたcsvデータを処理して、
DB管理ツール（phpmyadmin）でインポートしました。

その後管理画面より郵便番号DB登録のボタンを押すと
画面とプログレスバーが表示されました。
もっともDBには全データ登録されているはずなので
ローディングする前に接続を切りましたけどね。

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バックアップを忘れずに！

環境
EC-CUBE：2.3.3
OS：Linux
DB：MySQL 5.0.22 UTF-8
WEB：Apache/2.0.52 (Red Hat)
PHP：4.3.9