seasoft様
ご協力有り難うございました。

一応、解決致しましたので、掲載しておきます。

どうやら、lightboxを導入していた事が原因のようでした。

lightboxを利用するため、prototype.jsも利用していたのですが、
これを外すときれいに記載したエラーがすべて消えました。
全く同じlightboxをEC-CUBEではない別サイトでも利用しておりますが、
こちらでは、このようなログは出力されませんでした。
EC-CUBEとは相性が悪いのでしょうか？

そこまでlightboxにこだわっていた訳ではないので、
EC-CUBEにもとから利用されているjQueryを利用したThickBoxに変更
することで、全て解決致しました。