>この「prototype.js」と「jQuery」は相性が悪く、$()関数が競合しているため、
>そのままでは共存させることが出来ないようです。

jquery.js が含まれているのは知っていたのですが、どこで使っているのか…と思ったら管理画面で使っていたんですね。
どちらも似たようなライブラリなので、同時に使うと競合してしまうのは仕方ないでしょう。

私はユーザー画面のみでprototype.jsを使っていたので、デフォルト仕様のままなら競合する事はないですね。
どちらにしても結果として望んだ物になればいいと思うので、好みに合わせて使えばいいんですが。


＃別に prototype.js の肩を持っている訳じゃないですよ