同一サーバーで、どちらも自社で管理しているサイトであれば、
あえてAPIを有効にしてリスクを増やす必要はないと考えますね。

Xserverであれば同一サーバー上にphpプログラムがあれば
APIを使わなくてもデータベースへ直接アクセスすることが可能です。

ただ、APIプラグインのウェブフック機能を使えばEC-CUBEをカスタマイズ無しで注文が発生したことをphpプログラムに通知できるので、そこは使用してもいいかもしれません。

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