お世話様です。

PHPからのトランザクションの動作を少し検証してみました。

トランザクション自体が、CSVでアップロードされたデータを
処理するループの外にかかっているため、

LC_Page_Admin_Products_UploadCSV_Ex.phpの

// 実行時間を制限しない
set_time_limit(0);

の設定によるのか、トランザクションブロックの内側で
タイムアウトや強制終了する様な状況になると
データがコミットされてしますのではないでしょうか？

CSVでの登録は、

「IDを指定しない新規登録」
「IDを指定した更新」

のいずれかで処理している様に思われますので、

トランザクションの中で落ちた場合に、
データが中途半端に登録されるので、
落ちるタイミングによっては変なデータが残ってしまうの
かと思われます。
パフォーマンスは落ちますが、
現状では、CSVデータの1件毎に
トランザクションをかける方が良いのではないでしょうか？

また、

LC_Page_Admin_Products_UploadCSV_Ex.phpの

// 行カウント
if($line <= 1) {
continue;
}

は、$line < 1 としないと、
CSVで1件のデータは登録できないように思われますが．．．

思いつく登録時の流れ（対応）としては、

１、商品1件のスキーマ毎にトランザクションをかける
２、登録できたデータと登録できなかったデータを振り分けて
　　ログを吐き出す。
３、タイムアウトが起きない様に一定件数でクライアント
　　（ブラウザ）を介す様にする。
４、IDの指定が無い場合は、ID自動発行で新規登録する。
　　IDの指定がある場合は、該当データのある場合は更新
　　IDの指定がある場合で、該当データの無い場合は新規登録

このくらいのパターンがあれば、登録時の問題はいくらか
解消されるのではないかと思います。

後は、データベースの最適化でしょうか？
これまでの経験ですと、スクリプトなどのコーディングで
データベースエンジンをラッピングしようとすると大変な
ので、ストアドを介す様にして、ストアドの名前をなるべ
くそろえて、可能な限りデータベース側でラッピングした
方がスムーズの様です。
データベースの方言や拡張関数等もある程度ストアドで
吸収することも可能です。

時間が取れれば、開発に参加してみたいとも思います。

ご検討ください。