当方では、複数ドメインを１専用サーバーで管理していた為、
導入当初、同じような現象（ヤフーアドレスに拒否される現象）に遭遇しましたが、
正引き＝逆引きにできていなかったのが原因でした。

事象としては、元々は「www.○○.biz」のみしか入っていなかったＩＰアドレスに、
後付けで「www.○○.co.jp」（EC CUBE用）のドメインを追加した為に、
「www.○○.co.jp」の正引き＝逆引きができなくなっていたようです。
※ネームベースのヴァーチャルドメインの為。

実例.
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□正引き
www.○○.biz　　→　119.○○.○○○.○○
www.○○.co.jp　→　119.○○.○○○.○○

しかし、、

□逆引き
119.○○.○○○.○○　→　www.○○.biz　のみ。
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対処法として：
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・逆引きを「www.○○.biz　→　www.○○.co.jp」に変えて頂く。
※ネームベースのヴァーチャルドメインの場合で「www.○○.co.jp」を生かしたい場合。

・１サーバーに対して、２IPアドレスで２ドメインを管理する方法。
※IPアドレスが１つしかないため、逆引きが共存できない。
※つまり、IPベースのヴァーチャルドメインに作り替えということ。
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相手側サーバーの受信ルールやスパム判定の設定などで
「正引き≠逆引き」という、完全一致しないアドレスのメールは
拒否・もしくは迷惑メール扱いされているのではないか・・と考えられます。

あくまで、考えられる推論の域ですので、別途、解決方法があるのかも知れませんが、
当方では、こちらの方法で解決致しました。
※逆引きを「www.○○.biz　→　www.○○.co.jp」に変更する方法を選択。

ご参考に頂けましたら幸いです。