はじめまして。
私はEC-CUBE 2.3.4で同じ現象に遭遇しましたので、
以下のようにdata/class/helper/SC_Helper_DB.phpの1201行目を修正しました。

$rank = $objQuery->get($tableName, "rank", "$keyIdColumn = ?", array($keyId));
↓
$rank = $objQuery->get($tableName, "rank", "$keyIdColumn = ? AND " . $where, array($keyId));

移動元の商品のランクを求めているようですが、SQLのWHERE句に
カテゴリがセットさせていない為、
他のカテゴリに登録された商品のrankがセットされているようです。
一応、これで思うような動きをしています。