MySQLの文字化けはフォーラムを検索するとたくさん出てきます。
説明するのも面倒なぐらい（汗）。

大体の方が勘違いしているのは、mysqlやphpmyadminなどのクライアントからmysqld（MySQLのサーバー）に接続し、設定をチェックして、utf8になっているからOKだと思っていることです。
mysqlクライアントから接続したときはmysqlクライアントに対する、phpmyadminクライアントから接続したときはphpmyadminクライアントに対する現状の設定をmysqld（MySQLサーバー）は返します。
EC-CUBEクライアントから接続をかけたらutf8になるかはmysqldのコンパイル時のオプション、もしくはmy.ini(my.cnf)の設定次第です。
それをせずになんとかするにはEC-CUBEからSET NAMESを発行するしかありません。

で、一番簡単で手っ取り早いのは正式版ではなくeccube-commuにすることです。
DBは一旦消して、新たに作り直してください。