他の部分で価格に関するカスタマイズを施していたりすると「バグは発生しない」と明言できませんが、ZERO_CHECKを消したことにより０円を登録できるようにしたことに関しては問題ないかと思います。（EC-CUBEのバージョンは最新ではありませんが、僕もしたことがあります）

あとは、支払方法設定で商品価格が０円だと不都合になるものもあるかと思うので、そのような支払方法は「１円〜」などとする必要があるかと思います。

また、商品に規格を登録する際にはそのファイルだけでなく、規格を登録するページのPHPのZERO_CHECKも削除する必要があります。
（現在外出先のため、ソース名が分かりませんが調べてみてください）


できればclassディレクトリ以下のファイルはカスタマイズで利用せず、class_extendsの方に必要な変更部分をコピーして、そちらを変更する方がいいかもしれません。

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