皆さんご回答ありがとうございます！
ここさえ乗り切れば…と思い悪戦苦闘してます。

一人ずつ回答させて下さい！
nacoさん
1).ユーザーのWEBルートディレクトリ直下にEC-CUBE用のフォルダを作成して、このフォルダに対して独自ドメインを割り当てているのですか？（※その中に「data」と「html」フォルダが入っている状態）

A:はい！itemフォルダを作成してその中に『html』『data』があります！
独自ドメインの割り当ては/home/ユーザ名/www/itemです。

2).「/data/install.php」の下記の部分の設定を教えてください。
※ユーザー名・ドメイン名などは例のように隠しても大丈夫です。

define ('HTML_PATH', '/home/ユーザー名/www/eccube2/html/');
define ('SITE_URL', 'http://ドメイン名/html/');
define ('SSL_URL', 'https://ドメイン名/html/');
define ('URL_DIR', '/eccube2/html/');

A：以下の様に記載しております。
define ('HTML_PATH', '/home/ユーザー名/www/item/html/');
define ('SITE_URL', 'http://ドメイン名/html/');
define ('SSL_URL', 'http://ドメイン名/html/');　
※httpですがまだ初期設定なので。
define ('URL_DIR', '/html/');

何か間違いがありましたら遠慮なくご指摘下さい