※順番に読めるようにこちらにレスをつけます。


独自ドメインの割り当てが「/home/ユーザ名/www/item」ですね。
分かりました。
※マルチドメインは旧エイリアスです。(プランの機能変更時に名称も変更になりました。)

http://www.sakura.ad.jp/news/archives/20081112-001.news


現在編集している.htaccessはどこに設置してあるのでしょうか？
現在は「http://ドメイン名/html/」でアクセスしているけれども、いずれは「http://ドメイン名/」でEC-CUBEのトップページにアクセスできるようにしたいのでしたら、ドメインのWEBルート「/home/ユーザ名/www/item」に設置しておくといいです。




※何個か前に投稿した記述と同じですが、上記の.htaccessをドメインのフォルダ「item」に置いて、他の場所の.htaccessファイルは削除またはリネームします。
※初期状態から「html」フォルダ内にある.htaccessは、リライトのルールを記述していなければそのままでもいいです。



この方法で「.html」と「.htm」の両方でアクセスできるようにしても、静的コンテンツが増えるわけではありませんので、リンクを記述したりサイトマップに記述しなければグーグルのクロールに影響はないと思います。
※ただ、メリットはほとんどありませんので、一応訂正してあります。(直接アドレスを入力してアクセスする人にとって多少親切かな？と思った程度ですので... )