ご覧になっているかどうか分かりませんが一応...

最終的にはドメインで運用したいということですので、「html」フォルダの中身を丸ごと一つ上のディレクトリ「item」に移動してはいかがでしょうか？

「data/install.php」の各種パスの設定と「define.php」(初期状態で「html」フォルダにあります)の以下の部分の設定を直すのを忘れないでください。



上記を次のように変更します。



※現在は使われていないようですが、「DATA_DIR2HTML」の指定も一応次のように変更しておきます。



http://eccube.seesaa.net/category/4502049-1.html

http://www.xserver.ne.jp/man_install_ec.php#3


これだけでは静的URLでアクセスするという目的は果たせませんが、どうせなら「html」を除いてドメインでアクセスできる状態にして試してみたら良いのではないかと思いました。
ramrunさんが書かれているように、なるべく初期状態に戻してから試してみると良いかもしれません。



話は変わりますが、ここからはramrunさんへです。
指摘されてすぐに修正した件を例に持ち出されても困ります。
（「1ahtml」「1ahtm」…「1xhtml」等では、単なる入力間違いだと思われそうですね。）
EC-CUBE自体が初期状態で、適当なパラメータを指定しても404にはなりません。
私は親切設計で良いと思いますが、初期状態ではやはり同じようにスパム宣伝をされる危険性があるということでしょうか？
また、スパム宣伝をされること自体が、第3者に誤解されマイナスイメージになるかもしれないので、なるべくなら避けたい事です。
すぐに削除してくれれば検索エンジンへの影響はないでしょうが、管理人やその投稿を見た人にマイナスイメージを持たれるかもしれません。
これは、トップページやその他正規のページへのリンクでも変わりません。
アクセス解析をして通報する以外、こういう事への対策はないのでしょうね...