参照先で紹介されているのは、規格毎の値段を「〜」表示から個別の値段を拾ってくるカスタマイズなので、

>商品1を6個買い、商品2を6個買うと「商品1×6個＝9,000円　＋　商品2×6個＝9,000円　＝　18,000円(12個の価格15,600円にならない)」になってしまいます。

上のような動作では無関係だと思います。

このカスタマイズで行くと、
規格に
1個
2個
3個…
のような登録をしないといけませんが、そうしたときに個数入力フォームが更に問題となってしまいます。

単純にテンプレート側で渡す値段を個数に応じて条件分けして、変化させたとしても、phpやデータベースの動きもチェックしないといけないですね。