APCの不具合のようですね
特定のパターンで発生するようですが、APCの開発グループは動きがイマイチ最近悪いようなので修正がされていくか怪しいところ・・・

リンク先ではAPCが悪いということでBogusになっていますのでPHPコア側では対処するつもりが無いようです。
APC3.1.1以降はbeta扱いなので致し方ないかもしれません・・・
APCだけ3.0.19を使うようにビルドし直すか、PHPの環境を変えるぐらいしか対処が無さそうです。（もしくはAPCコード自体の問題点を探してコードレベルで直すか

APCのようなコードキャッシュの高速化系は問題が生じた場合は諦めるしかないと思います。

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