そうですね、excelでも取込は可能ですね。
ただ加工が面倒なので、
教えていただいたような、改行コード変換ソフトで対応することにします。これだとドラッグするだけで一発変換できるのでそんなに手間ではないので。

ちなみにB2用CSV出力用のSQLが以下になります。もっといい方法があるのかもですが、同じような状況の方に少しでも参考になればと思います。

order_id as 受注番号
,to_char(date 'now', 'YYYY/MM/DD') as 出荷予定日
, deliv_tel01 || deliv_tel02 || deliv_tel03 as お届け先TEL
, deliv_name01 || deliv_name02 as お届け先名
, deliv_zip01 || deliv_zip02 as お届け先郵便番号
, mtb_pref.pref_name || deliv_addr01 as お届け先住所
, deliv_addr02 as お届け先建物名
, payment_total as 代引金額
FROM
dtb_order , mtb_pref
WHERE dtb_order.deliv_pref=mtb_pref.pref_id AND status = 1 AND del_flg = 0