なんだかしゃしゃり出てきた状態ですみません

今EC-Cubeのカスタマイズがどの程度出来るか、やりやすいかざっと眺めている段階で、全体像が把握出来ていない状況です。

/data/include/mobile_image_map_***.csv
あたりを見て、「携帯のキャリア・機種判断は(EC-Cube)自前でやっているんだな」と判断していました。

もう少し追いかけたら
PEAR::Net_UserAgent_Mobileでキャリアと機種を判別、
mobile_image_map_***.csvで画面サイズ・画像フォーマットを取得、
/data/include/image_converter.incでサイズ変更をしているようですね。


仮に透過gifのリサイズ対応するなら、image_converter.incの修正で行けそうな感じです。
元画像がgifだったら・・・的な分岐をSC_MobileImage.phpに入れてやる必要もあるかな。

が、同じようなことをやった経験上、GDのバージョンやらサーバの環境によって、うまく行ったり行かなかったり・・・が激しいので手を出しにくい所ですね。
透過gifの場合、リサイズを掛けると境界線部分がどうしても汚くなりますし。