kishik様
popo様

ご返答ありがとうございます。
お二人のご意見、大変参考になりました。
無事に解決することができました！

もっと良い方法があるかもしれませんが、
下記へ私が行った導入方法をまとめておきます。

─条件────────────────────
商品A：個別送料設定　0円
商品B：配送設定　都道府県毎に一律

□送料計算方法
商品Aのみ：個別送料設定の送料
商品A+B：個別送料設定の送料＋配送設定の送料
商品Bのみ：配送設定の送料
───────────────────────

下記URLのカスタマイズを順番に行う。

http://www28.atwiki.jp/lucier/pages/43.html
http://svn.ec-cube.net/open_trac/changeset/18114

ここまでで、送料を加算させることができました。

商品Aのみを購入時に個別送料設定のみでの送料合計が出るように、
さらに、下記URLのカスタマイズを行いました。

http://seasoft.jp1.cx/ec/%E6%8B%A1%E5%BC%B5/%E5%95%86%E5%93%81%E9%80%81%E6%96%99%E3%82%92%E5%9F%BA%E6%9C%AC


他の方のご参考になればとおもいます。