僕も以下の環境で同じような経験があります。
管理画面にはログインできますが、突然セッションが途切れてしまう現象は同じです。結構面倒くさいです。

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EC-CUBE：2.2.0β
PostgreSQL：8.3.1
PHP:5.2.5
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動きを見てみると、
管理画面で商品登録などをした後、
サイトチェックでフロント画面を見るとなるような気がします。
特に、テストユーザーでログインして購入フローテストをしたり、
携帯サイト側にアクセスすると頻繁になりますね。

上記から推測できるのは、同じブラウザ上で
管理画面とフロント側のセッションを必要とする場面（購入フローや携帯側のページ）を行き来すると、管理画面のセッションがフロント側のセッションに上書きされてしまっているような気がします（検証しておりませんので、あくまで推測です）

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