ちゃんと動くか、目的に叶うかわからないけど、とりあえず考えてみました。
PC用商品一覧テンプレを増やす方法の一例です。（EC-CUBE 2.11の場合）

1.管理画面 > デザイン管理 > PC > ページ詳細設定 で「ページを新規入力」する。
　名称はlist2、URLもlist2.phpとする。

2.html/user_data/list2.php を開いて、全てのコードを削除。html/products/list.php のコードを上書きで貼り付ける。
（html/user_data/list2.php と html/products/list.php のコードを同じにする。）

3.管理画面 > デザイン管理 > PC > ページ詳細設定 から、list2 のページ詳細編集を行う。
　商品一覧ページの詳細編集のコードをそのままコピー＆貼り付ける。
（data/Smarty/templates/default/user_data/list2.tpl と data/Smarty/templates/default/products/list.tpl のコードを同じにする。）

4.list2 のページ詳細編集で、デザインカスタマイズを行う。
　http://your-domain.com/html/user_data/list2.php?category_id=カテゴリ番号 でアクセスできる。

ただ商品一覧ページが2パターンできることになると思うので、何か問題発生しないかなと。
なんとなくこうやったらできないかな？というのをやってみただけなので、ご意見ありましたらお願いします。