テンプレートをダウンロードする際は, 以下のような動作になります

1. html/user_data/packages/template_name 以下のファイルを data/Smarty/templates/template_name/_packages へコピー
2. data/Smarty/templates/template_name の内容でアーカイブを作成

この際, _packages の内容は上書きされません.
また, ブロック位置の更新ファイルである update_bloc.sql も更新されません.

よって _packages を削除し, update_bloc.sql を明示的に更新しない限りは, 修正したCSS や画像の内容, ブロック位置は変更されない仕様となっております.

2.0.x の頃は, 自動アップデート機能というのがあって「不用意に自動アップデート対象のファイルを変更しちゃいけない」という理由から, こんな仕様になったのですが, それがそのまま引き継がれてますね.
今となっては利便性も悪いので, 修正してしまっても良いと思います.