メール設定の挙動はやはりおかしいです。
一旦ヘッダー、フッターともに入力した上で登録完了し、後にヘッダーフッターともに消そうとしてもヘッダーフッター両方で「入力されていません」と赤字でエラー表示がされ、登録内容を消去できなくなります。
ヘッダーは空白のままでフッターのみ署名等を目的に入力するケースは多いと考えます。

LC_Page_Admin_Basis_Mail.php
$objFormParam->addParam('ヘッダー', 'header', LTEXT_LEN, 'KVa', array("EXIST_CHECK","SPTAB_CHECK","MAX_LENGTH_CHECK"));
$objFormParam->addParam('フッター', 'footer', LTEXT_LEN, 'KVa', array("EXIST_CHECK","SPTAB_CHECK","MAX_LENGTH_CHECK"));

ここは"EXIST_CHECK"しなくてもよいのではないでしょうか。

今気がつきましたが、ここってテンプレートとされていますが、タグを書いてデータひっぱる事ができないのですね。