ポリシー、運用ルールなどにもよるため一概に言えないのですが
同様のカスタマイズをした経験からすると

・ポイントの管理をどうするかを決めて、ポイント管理の機構、ＤＢ上の保存の仕組みを作る（購入履歴を使う方式もあります）。
・ポイントデータを取り扱うコア部分を改修する。SC_Customerとそれを利用する部分あたりでしょうか
・ポイントを表示／利用する部分を修正する。ブロック、マイページ系、購入系など多岐にわたるかと。
・対応する管理画面の修正＆新規作成。
・有効期限が過ぎた場合の処理について検討する。

あたりが検討・手をつける範囲かと思います

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