お世話になります。

管理画面の商品登録テンプレートを規定の形から多少変更しているため、元のファイルに手を入れて、

app\template\admin\Product\product.twig

…に配置していました。

探索順は管理画面の場合の走査例で
1. app/template/Admin/Product/index.twig
2. src/Eccube/Resource/template/Default/Admin/Product/index.twig
3. app/plugin/[plugin_name]/Resource/template/Admin/Product/index.twig

…とあったので、1のパターンに該当します。
実際、3.0.3ではこれでカスタマイズした方の画面が出てきてくれていたのですが、3.0.4に変えると、元の画面に戻っていました。
カスタマイズしたテンプレート(1)をスルーして本来のテンプレート(2)を読みに行っているようです…。

3.0.4ではカスタマイズ画面の読込ポイントが変更されたのでしょうか…？
もし変更されているならば、どこに置きなおせばよいのでしょう？

しかし、フロント画面のカスタマイズテンプレートを置いている
app\template\default
フォルダの方は問題なく読みこまれています。

3.0.3から3.0.4への変更履歴見ていたら理由が判明しました。

3.0.3の段階ではテンプレートを探す順番が
[admin]
1:app/template/admin
2:src/Eccube/Resource/template/admin
3:app/Plugin
[default]
1:app/template/default
2:src/Eccube/Resource/template/default
3:app/Plugin

…でしたが、途中の変更で
[admin] の1の部分が直接指定から
コンフィグファイルからの読込に変わっていて、その結果
app/template/admin　⇒ html/template/admin
になっている…

そもそもコンフィグファイルには「app/template/admin」を
指す場所がない。
一方「app/template/default」を指す場所はある
⇒これがadminの方のみ場所が変わってしまった原因？？

そして該当箇所である「html/template/admin」テンプレートファイルを移動させると目的は達成できましたが…

最初とルールが異なるし、.htaccess制御があるとは言え、公開フォルダ領域にtwigファイルを置くのも…と思うし、admin-1とdefault-1のパターンが異なるのも微妙に違和感を感じるような…。
仕様変更なのかバグなのかが見極めにくいです。

不具合の可能性が高そうですね。
GitHubにもIssue報告しておきました。
https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/issues/1016

こちらは3.0.4で他の不具合を対応した時の修正ミスとなります。
正しくは記載されている通り、

[admin]
1:app/template/admin
2:src/Eccube/Resource/template/admin
3:app/Plugin

となりますので対応します。

対応策として、Appliation.php内の
if (file_exists($app['config']['template_admin_html_realdir'])) {
$paths[] = $app['config']['template_admin_html_realdir'];
}
と記述されている箇所を
if (file_exists(__DIR__ . '/../../app/template/admin')) {
$paths[] = __DIR__ . '/../../app/template/admin';
}
に変更してください。

ご報告ありがとうございます。

本スレッドは解決しているものと思われますので、
対応状況を"解決済"とさせていただきます。

※解決済後も本スレッドへの返信は可能ですので、
　なにかあれば引き続きご利用ください。

報告・対応いただきありがとうございます。

…こういった時ってここに書いた方が良いのか、直接Issuesに書きこんだ方が良いのか迷うのですが…。

まずはここに書いて同様の事象が発生する方が居るのかどうかを確認してからの方が望ましいでしょうか？
この掲示板とIssuesの２か所の窓口があるため、どう使い分けるんだろう？と思っています。

自分の環境だけで発生したからとすぐにIssuesに書いてしまうとノイズが増えてしまいそうですし。