バージョン3.0.6を使用しています。

ルートディレクトリに直接EC-CUBEをインストールしたくないと思い、「ルート/ec-sys」にインストールしました。フォルダを一つ挟んでいる形です。
また、このままだとEC-CUBEにアクセスするためのURLが「http://example.com/ec-sys/html 」という感じになりますが、これだと長いので、「http://example.com 」でアクセスできるよう、以下の設定をしました。

・「ルート/ec-sys/html」の中にあるindex_dev.php、.htaccess、robot.txtをルートにコピー
・ルートにコピーしたindex_dev.phpをindex.phpに改名
・index.php内「__DIR__.'/../」と書かれている部分をすべて「__DIR__.'/ec-sys/」に置き換えた
(現在、デバッグモードでサイト作成中です。)

「http://example.com 」でアクセスできるようになったまではいいのですが、この状態だと商品詳細ページから何かしらの商品のカート投入を実行しても、カートページへ進みません。元の商品詳細ページに戻ってしまい、カートページを開いても、何も商品が入っていませんでした。
URLを変更した状態で、カート機能を正常に動作させることはできないのでしょうか。
あるいは、インストールディレクトリよりも上のディレクトリからEC-CUBEにアクセスできるようにしてはいけないのでしょうか。