現在、以下の環境でテストしていますがメールが文字化けしてしまいます。

EC-CUBEバージョン 1.0.1beta
PHPバージョン PHP 5.0.4
DBバージョン MySQL 4.1.20-log

サーバーの都合でMySQLの言語はUTF-8-JPのみしか使えません。
メールのテンプレート（../data/Smarty/templates/mail_templates/)
はすべてISO-2022-JP（元のテンプレートはEUC-JPでした）に変えたので、テンプレートの文字は見ることができます（それまでは、文字化けしていました）。
しかし、システムが吐き出している文字は化けてしまって読むことができません。
また、送信元、表題、件名も化けたままです。

これを直するにはどうすれば良いのでしょうか？
多分、ISO-2022-JPの指定をしているにもかかわらず、システム側がISO-2022-JPにテキストをコンバートしていないせいだと思うのですが…。それが、どこの部分か分かりません。ご存知の方がいらっしゃりましたらご指南頂けますよう、宜しくお願い致します。
または、「ISO-2022-JPにコンバートしない」方法でも良いかもしれません（メールの作法からは外れるかもしれませんが、最近のメーラーは色々なエンコードに対応しているので、全てが同じエンコードなら、文字化けしなくて済むと思います。その場合はヘッダーも変更しなくてはいけないでしょうが…）。

上記に追加ですが、私の環境ではなぜかメールが必ず2セット（送信側、受信側でそれぞれ2通）送られてきます。
私の環境だけかもしれませんが、このような現象は他には無いのでしょうか？
また、対処法をご存知の方がいらっしゃいましたらお教え頂ければ幸いです。

テストということでよかったら。
EUC-JPのEC-CUBEをそのままUTF-8セッティングされたMySQLで使用する方法です。

まずMySQLでは

　mysql> status
　Server characterset: utf8
　Db characterset: utf8
　Client characterset: utf8
　Conn. characterset: utf8

だとします。

　mysql> create database eccube charset ujis;

でデータベースを作成して、

　mysql> use eccube
　mysql> status
　Server characterset: utf8
　Db characterset: ujis
　Client characterset: utf8
　Conn. characterset: utf8

という状態にしてください。

次にeccube-beta-1.0.1.tar.gzを解凍してドキュメントルートへ。

セットアップに入る前に、eccube_dir/data/class/SC_DbConn.phpの
33行目$this->dsn = $dsn;の下に下記2行を追加。

　$buf = $objDbConn->prepare('SET NAMES binary');
　$objDbConn->execute($buf);

つづいてeccube_dir/data/.htaccessのencoding_translationをonからoffに。
（うちの環境ではこれをしないとglib.phpでエラーになる）

　php_flag mbstring.encoding_translation off

あとは普通にセットアップします。

一応うちの環境では、それで普通に使えてるみたいです。

正式にというのでしたら↓を参照してください。
http://xoops.ec-cube.net/modules/newbb/viewtopic.php?topic_id=107&forum=4

同じような環境で困っていました。
大変助かりました！！ありがとうございます。