メニューのオーナーズストア→テンプレート→アップロードでテンプレートをアップロードすると下記エラーが表示されアップロードできない。
「appディレクトリが見つかりません。ファイルの形式を確認してください。」

アップロード処理をしている下記ソースの260行目〜277行目の一時ディレクトリの解凍処理で、解凍したディレクトリからappとhtmlを一時ディレクトリの階層へ移動してないのが原因だと思います。
/src/Eccube/Controller/Admin/Store/TemplateController.php

アップロードされたテンプレートパッケージ(tar.gz)の中身は
appディレクトリとhtmlディレクトリで構成されていますか？

私の場合、appディレクトリの中身が空の時に
このエラーメッセージが表示されました。
残念ながら、appディレクトリが空ではテンプレートのアップロードが出来ないようでしたので、
/src/Eccube/Resource/template/default/index.twigをコピーして、テンプレートパッケージに含めて
アップロードしたところ、正常にアップロード出来ました。