商品の金額は、
src/Eccube/Resource/template/default/Cart/index.twig（141行目）

にて表示していますが、このとき税込み価格が保存されています。

保存している場所は、
src/Eccube/Service/CartService.php（330行目）

です。

src/Eccube/Entity/ProductClass.php
に税込価格が保存されているので、同様に税抜価格も保存するようにすればいけると思います。

[EC-CUBE] EC-CUBE3.0.12、新規インストール
[レンタルサーバ] ロリポップ　プラン:エンタープライズ
[OS] Linux（CentOS）
[PHP] 5.6（モジュール版）
[データベース] LAA0770755-xm7x42　 5.6
[WEBサーバ] Apache
[ブラウザ] Google Chrome バージョン 56.0.2924.87
[導入プラグインの有無] 税抜き表記プラグイン
[カスタマイズの有無]
[現象] EC-CUBE-3.0.12を使用しています。
超初心者です。初めて質問させていただきます。プログラムの事はほとんどわかりません。
htmlのソースが少し分かるぐらいのレベルです。(-_-;)
商品を税抜表示にしたく、EC-CUBE3対応の「税抜き表記プラグイン」を使用しています。
現在、商品一覧ページ・詳細ページ・カート内の個々の商品金額の表示は税抜になっていますがカートの合計は税込の表示になっています。
カートの合計金額を税抜表示にし、「カートへ進む」ボタンからカートの商品内に移動したときの商品内容の金額及び小計も税抜きの表示にし、商品合計金額の前に消費税合計を表示、最後に商品合計金額を表示させたいと考えています。

●カート商品内の表示例

商品内容　　　　　数量　　　小計
商品1　1,500 　　2　　　3,000円
商品2 2,000　　　1　　　2,000円
消費税　　　　　　　　 　　400円
----------------------------------
　　　　　　　 　　合計：5,400円

コンテンツ管理→ページ管理→現在のカゴの中の「index.twig」を書き換えるのかなとは思いましたが、中のソースを見てもどこをどのように直せばよいのかさっぱりわからなく、意を決して質問させて頂くことにしました。
どなたかご教授頂けると大変助かります。どうぞよろしくお願い申し上げます。