[EC-CUBE] 新規3.0.13
[レンタルサーバ] XSERVER
[PHP] 5.6.22
[データベース] MySQL 5.5.45

商品登録の際に規格を合わせて登録しているのですが、規格を3つ登録させることは可能でしょうか？
2.xのときはカスタマイズしたら出来るという記事等を見かけたのですが3系統で同様のことができるというのをみかけなかったので…
また、規格は今後最大で5つまで増える可能性もあります。
簡単に変えれるものなのでしょうか？宜しくお願いします。

EC-CUBE3.0では商品規格は2つ固定という前提でシステム構築されており、簡単に拡張することはできません。
選択項目を増やせるプラグインがありますので検討してみてください。
https://www.ec-cube.net/products/detail.php?product_id=1333

カスタマイズすれば可能ですが、簡単にできるものかと言われると、２系でもそうですが非常に大変です。

また規格を増やすと重くなりがちです。

徐々に増えるかもしれないという状況はすでに規格の想定にマッチしていないため、まずは規格以外で対応する方法を検討する方が優先かと思います。

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2系・3系から4系へのバージョンアップ実績豊富

皆様のおっしゃるとおり、簡単に増やせるものではありませんので、
運用でカバーするのであれば、すでに組み合わせた状態の分類を登録すれば良いと思います。

例えば、カラー、サイズ、素材、などがある場合は
規格1の分類に、レッド×S、レッド×M、ブルー×S、ブルー×M・・・という感じで。
そして規格2には、カシミア、ウール、ポリエステル・・・など。