[EC-CUBE]2.13.5
[導入プラグインの有無] GMO-PGマルチペイメントサービス4.3.12
[現象]
　決済プラグイン導入後、マイページにカード情報編集機能が追加されますが、
　カード登録するだけで手数料がかかるので、流出したカード番号の与信などに不正利用されないか心配です。
　この機能をそのまま使うのは危険でしょうか

悪意のあるユーザが、不正入手したカード番号のチェックにこの機能を利用する、ということでしょうか？

プラグイン側にそれを防止する仕組みは、現状では無いかと思います。(GMO-PG以外のプラグインもおそらく同じかと思います）

決済代行業者に、そういった不正利用の事例が発生しているかどうかや、決済サーバ側で対処する仕組みがあるかどうかなど、事前に確認いただいたほうがよいかもしれません。