お世話になっております。

[EC-CUBE] 3.0.15
[レンタルサーバ] お名前.com 共有サーバーSD
[サーバーOS] SunOS cgi02.sd215 5.10 Generic_150401-15 i86pc
[PHP] 5.6.25
[データベース] MySQL 5.6.14
[WEBサーバ] Apache
※htaccessでmod_rewrite有効の確認済
※ DirectoryIndexなど一部利用不可らしい
[導入プラグインの有無] なし
[カスタマイズの有無] ec cube開発ページにあるページをドメイン直下にする手順(html下にしない)でインストール
[現象] インストールや設定は問題なくできましたが、管理ページやサイトアドレスがすべて
https://hoge.com/index.php/
https://hoge.com/index.php/help/aboutなど
index.php/の下になってしまいます。

別サーバーにて稼働中の2系から移管する予定なので
URLを変えたくなく、
最終的に
https://hoge.com/
https://hoge.com/help/aboutなどにしたいのです。


htaccess.sample内の（アップロード後ファイル名変更済）
-----------------------
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On

# Authorization ヘッダが取得できない環境への対応
RewriteCond %{HTTP:Authorization} ^(.*)
RewriteRule ^(.*) - [E=HTTP_AUTHORIZATION:%1]

# さくらのレンタルサーバでサイトへのアクセスをSSL経由に制限する場合の対応
# RewriteCond %{HTTP:x-sakura-forwarded-for} !^$
# RewriteRule ^(.*) - [E=HTTPS:on]

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !^(.*)\.(gif|png|jpe?g|css|ico|js|svg)$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ index.php [QSA,L]
</IfModule>
------------------------

をどういじったらよいのかがわからず困っております。

すみません、色々調べていて自己解決しました。

http://www.kopjapan.com/blog/web/%E3%81%95%E3%81%8F%E3%82%89%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%83%8D%E3%83%83%E3%83%88%E3%81%A7ec-cube3%E3%82%92%E5%88%A9%E7%94%A8%E3%81%99%E3%82%8B%E9%9A%9B%E3%81%ABurl%E3%81%8B%E3%82%89html

こちらで書かれていたように
RewriteEngine On
に
RewriteBase /
を記述することでドメイン直下から表示されるようになりました。