▼テンプレート
[EC-CUBE] ver2.12、新規インストール
[レンタルサーバ] cpi 仮想専用サーバー
[OS] centOS6
[PHP] 5.3
[データベース] mysql
[WEBサーバ] apache
[ブラウザ] 　モダンブラウザ全て
[導入プラグインの有無] 特になし、決済モジュール導入あり
[カスタマイズの有無] 　あり
[現象]
商品マスター内の各商品設定に「コンビニ許可決済　受付中or停止」のオプションがあるのですが、”停止”にしてもお支払い方法画面ではコンビニが選択肢に表示されてしまいます。
直接データベースを除くとcm_cvs_flagには2が入っていて、おそらく停止扱いなのですが、テンプレートには表示されています。

payment.tplでSmartyの変数一覧を見ていますが、上述のcm_cvs_flagを参照している箇所もなさそうです。

「コンビニ許可決済」というフィールド自体が純正のものなのかもわからず、、、関連情報が見つからないので、お心当たりのあるかたがおられましたら、ご教授いただけますでしょうか。

コンビニ許可決済のフィールドはデフォルトには無いです。
カスタマイズしてるのであればLC_Page_Shopping_PaymentもしくはLC_Page_Shopping_Payment_Ex、SC_Helper_Payment、SC_Helper_Payment_Ex辺りだとは思うので、そこらへんを確認してみてください

ご返信ありがとうございました。
ご指摘いただいた通り、決済モジュールに依存した機能でした。

決済代行会社の切り替えに際して、複数のモジュールをインストールしたために、LC_Page_Shopping_Payment_Ex、SC_Prodcut_Exなど拡張用のクラスに変更が入ってしまったようです。

特にバックアップファイルもなく実行されてしまったようなのですが、こんなに危ういものなのでしょうか。。。
普通のCMSのような、コアとプラグインやモジュールを個別に切り離す機能があればお伺いしたいです。

ともあれ、大変参考になりました。

決済モジュールに関しては決済代行会社の作り方によるとしか・・・。
一応変更されたEXクラスに対して元のカスタマイズを戻してあげればそのまま動くはずです。

一応今の所知ってる限りEXクラスを直接変更するモジュールはバックアップファイルは作っていたはずなので、再度バックアップが無いか確認してみてください。