頻繁にシステムエラーが発生します

[EC-CUBE] EC-CUBE 2.13.5
[OS] windows 8.1
[PHP] 5.2.17
[データベース] MySQL 5.1.61
[サーバーOS]FreeBSD
[WEBサーバ]Apache/2.2.22 (FreeBSD) mod_ssl/2.2.22 OpenSSL/0.9.8q DAV/2
[ブラウザ] firefox or chrome ともに最新
[現象]

サイトやCMS内でリンクを踏むと5,6回に１回は「システムエラーが発生しました。大変お手数ですが、サイト管理者までご連絡ください。 」のアラート画面に遷移します。
特に商品購入の部分（住所の登録など）では高い確率で発生します。

セッションのエラーなのでしょうか？

また、以前質問を投げさせていただいたのですが、
CSV登録を行う際に行数が多い（５０行ぐらい）だとうまくアップできないことがありました。
こちらは行数を減らして（２０行以内）だとアップがうまくいきました。

mysqlのメモリ上限にひかかっているのでしょうか？
何かしら関連したものと思われます。

こちらなのですが、若干設定の変更を行っています。
①商品の登録のサブ情報でサブ画像を５→１１個まで増やしています。
②別サーバーで一度構築し、それを今回のサーバーに移しています。
（別サーバーで運用時は問題なく動作していました。）
移動後は、データーベースをコピーし、define.phpやパーミッションの設定を行っています。

以下がエラーログです。
「EC-CUBE ログ表示」を出そうとしたときに出たエラーです

日時：
2017/11/17 13:26:5
場所：
/manage/system/log.php [manageは管理ページのディレクトリ名です]
エラー内容：
Fatal error(E_USER_ERROR): DB処理でエラーが発生しました。
SQL: [PREPARE mdb2_statement_mysql_5e733629708a2ddb73fab91ec3c449743641e2207 FROM 'SELECT * FROM dtb_plugin_hookpoint WHERE plugin_id = ? AND use_flg = 1 ']
PlaceHolder: [array (
0 => '1',
)]
MDB2 Error: unknown error
_doQuery: [Error message: Could not execute statement]
[Last executed query: EXECUTE mdb2_statement_mysql_5e733629708a2ddb73fab91ec3c449743641e2207 USING @0]
[Native code: 1615]
[Native message: Prepared statement needs to be re-prepared]
on [/usr/home/webmaster/[*ドメイン*]/data/class/SC_Query.php(1095)] from 126.113.67.90
login_id = administer(0)[h2u2c77cr6ltlu7q58n72e0p77]
/usr/home/webmaster/[*ドメイン*]/public_html/manage/system/log.php(24): require_once
/usr/home/webmaster/[*ドメイン*]/public_html/manage/require.php(32): require_once
/usr/home/webmaster/[*ドメイン*]/data/require_base.php(51): SC_Helper_Session::adminAuthorization
/usr/home/webmaster/[*ドメイン*]/data/class/helper/SC_Helper_Session.php(241): spl_autoload_call
(): SC_ClassAutoloader::autoload
/usr/home/webmaster/[*ドメイン*]/data/class/SC_ClassAutoloader.php(69): SC_Helper_Plugin::getSingletonInstance
/usr/home/webmaster/[*ドメイン*]/data/class/helper/SC_Helper_Plugin.php(102): SC_Helper_Plugin->load
/usr/home/webmaster/[*ドメイン*]/data/class/helper/SC_Helper_Plugin.php(53): SC_Plugin_Util->getEnablePlugin
/usr/home/webmaster/[*ドメイン*]/data/class/plugin/SC_Plugin_Util.php(47): SC_Plugin_Util->getPluginHookPoint
/usr/home/webmaster/[*ドメイン*]/data/class/plugin/SC_Plugin_Util.php(169): SC_Query->select
/usr/home/webmaster/[*ドメイン*]/data/class/SC_Query.php(176): SC_Query->getAll
/usr/home/webmaster/[*ドメイン*]/data/class/SC_Query.php(309): SC_Query->execute
/usr/home/webmaster/[*ドメイン*]/data/class/SC_Query.php(1056): SC_Query->error
/usr/home/webmaster/[*ドメイン*]/data/class/SC_Query.php(1095): trigger_error

よろしくお願い致します。

エラーメッセージからはDBに何か問題はある事はわかるのですが、
そのエラーの原因がよく分かりません。
必ず同じ所でエラーが発生するわけではないのであれば、
サーバ環境に何かしら問題があると思います。

ECCUBEではなく、MySQLのエラーログを確認する必要があるのではないでしょうか？

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