ver3.013です。
『おすすめ順』プラグインを追加したのですが(orderby=4)、検索機能では、SQLの”&orderby”が消えてしまうので上手く並び替えできません。
（フロントの選択機能は削除してあります）

これに&orderbyを加えたいと思っているのですが、検索機能がどこで制御されているか、ご存知の方、いらっしゃいませんか？

おすすめ順プラグインとは、商品並び替えプラグイン(SortProduct)とは違いますか？
商品並び替えプラグインなら初期状態で指定した順で並ぶように触った事があるのですが・・・。

プラグインですので、基本的に
/app/Plugin/プラグイン名/
以下のファイルに処理が記述されていると思います。

そこに配置されているconfig.ymlを開いて、
event: hogehoge
を確認して、
hogehoge.php
の中身を調査してください。

（商品並び替えプラグインの場合、event.phpというファイルがあり、
　その中に並び順が「おすすめ順」の時かどうか判定する記述がありましたので、
　商品一覧の初期状態（$searchForm['orderby'] = null）の時も
　おすすめ順を選択している時と同じ処理となるようにif文を変更しました）

プラグイン側を変更せずに、ECCUBEを直接編集するのであれば、
/src/Eccube/Repository/ProductRepository.php　の
function getQueryBuilderBySearchData($searchData)で
並び順は制御されています。
(order byのif else が記述されていますが、
初期状態はelseの中を通っていると思います）

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株式会社シロハチ
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ご丁重にありがとうございます。
プラグインの話を加えたので、ややこしくなってしまいましてすみません。
直接編集の方で、なんとかなりました。