▼テンプレート
[EC-CUBE]　3系　稼働中
[レンタルサーバ]　Ｘサーバー

[導入プラグインの有無] ペイジェント、Amazon pay
[カスタマイズの有無]
[現象]
常に起こるわけではなく、ある一定の条件が揃うとなるようで
その条件が分からずにおります。

一部、在庫が減ってなかったり、在庫が-1になって売れすぎてたりしています。
（在庫が無く発送できない）

こちらで行うテスト上はまったく問題なく
在庫が0だと買えないし、在庫が1だと、買ったらになりカートに入れられなくなります。
もちろん、カゴに入れたまま放置し、他のアカウントから購入し完売にしたのち、元カゴを購入しようとしても買えません。

しかし、しばらく運用するとまた、在庫が減らない、-1という表示になります。
ちなみに無制限で出している商品は一つもなく、全て在庫数を設定しております。

100点商品があると、このうち５点ほどがこのような現象になります。
完全にお手上げ状態で、今はサーバースペックを疑いだしております。

何か手立てになる情報などございましたら
どうかよろしくお願い致します。

どちらかの決済プラグインの仕業ぽいですね。
運用に差し支えなければ、片方ずつ有効にして様子をみてはどうでしょうか？