ECCUBE3系を使用しています。
サーバーはxserverで、この修正によるプラグインの関係はないと思われますので使用しているプラグインは割愛します。

受注数が多いため、受注ソフトから吐き出される
受注番号、受注ステータス、メモ
というcsvをECCUBEに取り込んで、一括で「受注ステータス」「メモを追記」を行いたいです。

どなたかそういったプラグインの有無や、
システムの修正方法ご教授願いたいです。

@ ateshiさん

受注マスターにCSVで一括で登録するプラグインなどは無いようです。
カスタマイズするのであれば、商品管理/商品CSV登録などを参考にカスタマイズしていただくのが良いかと思います。