[EC-CUBE] 4.0.3
[レンタルサーバ] エックスサーバー
[OS] Mac OS
[PHP] 7.2.27
[データベース] MySQL 5.7.27
[WEBサーバ] Apache
[ブラウザ] Google Chrome、Safari

▼問題点（2点あります）
規格管理でバリエーションごとの在庫を設定しました。
①セレクトボックス「選択してください」をそのままで先に進もうとすると「システムエラーが発生しました。大変お手数ですが、サイト管理者までご連絡ください。」と出ます。
※デフォルトのデモサイトは画面進む前に選択するようなエラーが出て問題ないようでした。

原因につきまして
「商品オプションプラグイン」を使ってます。
このプラグインによる弊害だと認識してますが、こちらを止めることは出来ないです。

②バリエーションを選択したところ、金額が変更されます。
変更されないようにしたいです。

原因につきまして
商品の販売金額を税抜価格になるように設定しています。
選択すると、税込の金額になりますが、商品金額の横の表記は「税抜」のままなのでとても見栄えが悪いです。

解決法わかる方、ご教示ください。

おそらくプラグインでバリエーションごとの価格を取ってきてjsで書き換えていると思いますが、その際にプラグインが取得するバリエーションごとの金額が税込で計算されているのだと思います。
プラグインを改修するしかないので、プラグイン製作者にご相談ください

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tao_s 様
度々ご回答ありがとうございます。

こちらはプラグイン製作者に問い合わせてみます。