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[EC-CUBE]　2.12.6 運用中
[レンタルサーバ] 　iCLUSTA+
[OS] 　Linux w35-blue
[PHP]　5.6.40
[データベース]　MySQL 5.1.47
[WEBサーバ]　Apache
[ブラウザ] 　google chrome
[導入プラグインの有無]　会員ランク
[カスタマイズの有無]　デザイン変更のみ
[現象] 　プラグインのバッティング
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ec-cube2.12.6から2.17か3にバージョンアップを考えております。2.17にアップするには、1.13.0から1.13.5へ順番にアップデートを行って、2.17へアップをしなくてはいかないのでしょうか？
また、上書きを行ってバージョンアップをするのか？もう一つサーバーを準備してec-cubeをインストールして、データのみを移設していくのかも教えてください。

2.17バージョンアップの方法を説明しているページ等ありましたら教えていただきたいと思います。

ec-cube4にしたいのですが、サーバーの都合で4をインストールできないので、2.17か３にしたいと思っています。

こちら参考になりますでしょうか。
https://qiita.com/nanasess/items/ff9bbde34f7d44240c06

削除が必要なファイルもあり、上書きだけではバージョンアップできないため、別の環境を用意してバージョンアップされることをおすすめします。

データベースの変更箇所については、 Seasoft さんのサイトが詳しです
http://seasoft.jp1.cx/ec/アップデート/2.13/2.12.6_2.13.0