お世話になります。
データ移行プラグインを使用し、2系から4系への以降を検討しております。
データ移行プラグイン

マニュアルによると、以下のデータは移行できないとなっています。
☓ カート
☓ 決済と配送の紐づけ
☓ 複数配送
☓ ダウンロード商品の商品データ
☓ ダウンロード商品の受注データ

上記データは、マニュアルで移行可能でしょうか。
移行先元先のテーブル比較など情報ありましたらお願いいたします。

決済と配送の紐づけ
は手動で登録する事は出来るかと思います。
ただ、プラグインの説明の注意事項に以下の記述があるように

・新規に使う支払い方法と配送方法を設定する必要があります

支払方法と配送方法のIDが変わってしまう可能性があり、目視で設定したほうが安全なのではないかと思います。
気付かない間に支払方法と配送方法の組み合わせが変わってしまうと困ると思いますので。
（配送方法の編集画面で支払方法を選び直す事になるかと思います。）

カート
についてはそもそも2系にデータが無いと思います。

複数配送
もテーブル構造が変わっていると思いますので
以降は難しいかと思います。
特に1度の注文で同じ商品を2個以上買い、別々の配送先へ1個ずつ送っているような注文があった場合が難しいのではないかと思います。

ダウンロード商品については4系ではそもそも機能が無くなってしますので
商品、受注データともに移行できないと思います。

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株式会社シロハチ
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お世話になります　。
詳細なご回答ありがとうございます。

クライアントの運用状況を確認して対応したいと思います。
ありがとうございました。