いつも大変お世話になっております。

以前、EC-CUBE2.13.3を使用したショップを構築したのですが、このショップにおいて受注データをCSVでダウンロードする際、データが欠落してしまう場合があります。

例えば100件受注データがあるにも関わらず、ダウンロードしたCSVには97件しか存在しないイメージです。
管理画面の受注データで検索するとデータがあるにも関わらず、CSVには含まれていません。

このような現象にお心当たりがございましたら、アドバイスいただけますと幸いです。

文字コードの問題ではないかと思います。

ＤＢ内のデータは「UTF-8」で格納されているかと思いますが、出力する際に「Shift-JIS」に変換して出力します。
その際にECCUBEは文字コードで変換できないコードがある行をスキップして出力いたします。
特殊文字やShift-JISに変換できない文字が含まれていないかを確認してみてください。