▼テンプレート
[EC-CUBE] 4.0.6-p1 →　4.1.0 アップデート中
[レンタルサーバ]　Xserver
[OS] windows10
[PHP] PHP7.4.25
[データベース] MySQL5.7
[WEBサーバ] Apache
[ブラウザ] Google Chrome
[導入プラグインの有無] クロネコヤマト　カード・後払い一体型決済サービス、他
[カスタマイズの有無]　送料計算カスタマイズ

EC-CUBE4.0.5から4.0.6-p1 →　4.1.0と連続でアップデートしたところ、4.0.6-p1では特に不具合はみられなかったですが、4.1.0にアップデート中にエラーが生じ、以下のエラー分が出ています。

Fatal error: Uncaught Symfony\Component\Yaml\Exception\ParseException: Duplicate key "A082000003" detected at line 645 (near "A082000003: リクエスト頂いた受付番号がすでに登録されております。受付番号をご確認ください。"). in /home/×××/×××.net/public_html/vendor/symfony/yaml/Parser.php:355 Stack trace: #0 /home/×××/×××.net/public_html/vendor/symfony/yaml/Parser.php(531): Symfony\Component\Yaml\Parser->doParse('\xE3\x83\xAA\xE3\x82\xAF\xE3\x82\xA8\xE3\x82\xB9\xE3\x83\x88...', 768) #1 /home/×××/×××.net/public_html/vendor/symfony/yaml/Parser.php(327): Symfony\Component\Yaml\Parser->parseBlock(400, 'A011010201: \xE5\x8A\xA0...', 768) #2 /home/×××/×××.net/public_html/vendor/symfony/yaml/Parser.php(531): Symfony\Component\Yaml\Parser->doParse('kaakk049E', 768) #3 /home/×××/×××.net/public_html/vendor/symfony/yaml/Parser.php(327): Symfony\Component\Yaml\Parser->parseBlock(9, '\nYAMATO_SERVICE...', 768) #4 /home/×××/ in /home/×××/×××.net/public_html/vendor/symfony/config/Loader/FileLoader.php on line 180

アップデートの手順を誤ったのかもしれません。
インストール時に
以前のアップデートプラグインEC-CUBE4.0.5→EC-CUBE4.0.6や
EC-CUBE4.0.4→EC-CUBE4.0.5
がアップデートに対応していないというエラーが表示されていたので、それらを削除してから再度実行で、上記のエラーがでました。
削除したのがまずかったのでしょうか。

また、アップデート前にキャッシュ削除を行っていなかったので、
FTPからキャッシュ削除しましたが特に変わりません。

どなたか状況がわかる方。いらっしゃいますでしょうか？
よろしければご教授いただければ幸いです。

自己解決しました。
クロネコヤマトのプラグインがインストール時に最新バージョンになっていなかったらしく、アップデート中にエラーが生じたようです。
一旦、バージョンダウンすることで解決しました。
お騒がせしてすみませんでした。