[EC-CUBE] 4.0.3
[レンタルサーバ] Xserver
[OS] 使用しているOS名、バージョン
[PHP] PHP7.2.34
[データベース] 使用しているDB名、バージョン
[WEBサーバ] 使用しているWEBサーバ名、バージョン
[ブラウザ] 使用しているブラウザ名、バージョン
[導入プラグインの有無] あれば導入プラグインを記載
[カスタマイズの有無] あればカスタマイズ内容を記載(できるだけ具体的に)
[現象]
在庫はあるのに、在庫なしで購入エラーになってしまう現象が何回か発生しておりまして、「dtb_product_stock」テーブルを見ていての質問です。

1つの商品に対して複数の規格を設定して、規格のcheckをつけたり外したりして管理画面、フロントで表示非表示を切り替えて運用しております。
一度checkを外して、再度表示のためにcheckを入れて再登録すると、「dtb_product_stock」に新しいデータとして登録されます。

例)
最初に規格を登録　→ id=200として「dtb_product_stock」に登録される。
一度checkを外して、再度表示のためにcheckを入れて再登録すると、id=201として「dtb_product_stock」に登録される。

その後、在庫数を変更しても「dtb_product_stock」のstockが変わるのはid=200の方のstockしか変更されず、
id=201のstockの数字は再登録した時の数字から変更することができません。
その際に商品に対して紐付いてる「dtb_product_stock」のstockと「dtb_product_class」のstockに差異が発生することがあります。
管理画面で規格を再度更新すると「dtb_product_stock」のstockと「dtb_product_class」のstockの数字が一致して問題ない商品もあるのですが、「dtb_product_stock」に新しくできたデータが紐付いた商品は、管理画面の方から更新することができない状況です。

例)
商品id=3、規格Id=100の商品に「dtb_product_stock」のid=200のものと、「dtb_product_stock」のid=201のものが存在していて、
「dtb_product_stock」のid=200の方は、管理画面で在庫を変更すると反映されるが、id=201の方は反映されない。

この際に、フロント側に表示されている商品はどのstockのIdのものになりますでしょうか？何か他のテーブルから確認する方法がございますでしょうか？
また一度checkを外して、再度表示のためにcheckを入れて再登録した規格のstock数を、管理画面から変更する方法がありましたらご教授いただければと思います。

わかりにくい質問で大変申し訳ありませんが、
よろしくお願いいたします。

弊社でも在庫数があるのに在庫無しで購入ができないエラーが同様に発生しました。

dtb_product_stockの数値を変更しても購入ができなかったため、
dtb_product_stockの数値を変更前に戻し、
EC-CUBE管理画面、商品一覧の規格管理から数回数値を変更して登録を押し直したら購入できるようになりました。
（例：　在庫 1 →0に変更して登録 →　1に変更して再度登録）

参考になれば幸いです。