こんにちは。
私も同じ現象で悩まされましたが、多分・・・おそらく解決です。

原因：
もともと規格として登録されていない商品には、product_class_idが　""　として登録されていて、本来は「新規」として登録されなければいけないのが、
SQL文を作成する場所で、ループの際　product_class_id　を代入する変数を初期化していない為、product_class_idの重複が起こる。

解決策：
LC_Page_Admin_Products_ProductClass.php　の
function lfInsertProductClass　の中で、

> // すべての規格を登録する。
> while($arrList["classcategory_id1:".$cnt] != "") {

この行の下に
　　$sqlval['product_class_id'] = ""; //初期化
の一文を入れてみる。


私のところでは　エラーは出なくなったようです。