[EC-CUBE]4.0.5(さくらインターネットのクイックインストールではない)
[レンタルサーバ]さくらインターネット　ビジネスプロ（テスト環境：さくらインターネット　スタンダード）
[PHP]7.4.30
[データベース]MySQL5.7.36
[WEBサーバ]Apache/2.4.51（テスト環境：Apache/2.4.54）

EC-CUBEそのものの質問ではないのですが、アドバイスを下さい。

現在、SSHシェルのコマンドラインを覚えたばかりで、プラグインの有効化／無効化、インストール／アンインストールができる程度のスキルです。

SSHシェルのコマンドラインでシステムおよびデータベースのバックアップをできるだけ自動に使い形でしたいと考えています。

現状はFFFTPを使ってバックアップを取っていますが、SSHシェルのコマンドラインを使ってバックアップをとるのはどのような方法になるのでしょうか？

単純に、SSHシェルでバックアップを作ってもバックアップデータを別の端末などに退避しない限りサーバが故障等などがおきデータが損失したら意味をなさないです。
外部のサーバ端末などは用意していますか？
していないのであれば、レンタルサーバ会社のバックアップサービスを利用した方がまだ安全です。
例としてさくらインターネットのバックアップサービスを下記に記載致します。
https://rs.sakura.ad.jp/function/backup_staging.html

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EC-CUBEインテグレートパートナー【ゴールド】ランク
M&I Works
URL: https://miworks.biz/
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さくらインターネットのビジネスプロプランに本番環境を置いているのに加えて、スぺックが落ちますが、スタンダードプランにテスト環境を置いています。

ただし、バックアップというよりは主にサイト改良のテストに使っています。

バックップ目的としては、MySQLデータベースをSQL形式でエクスポートして、システム(app,bin…,vendor等var以外の全フォルダ)を、FFFTPでローカル（外付けHDD）に保存しています。

やりかたが超素人的なので、もっと良い方法があるようには思っているのですが…。

簡単なサーバとバックアップ側のシステム構成図ですが、こんな風な構成が組めないのであれば、レンタルサーバ会社のバックアップサービスを利用した方がまだ安全です。
https://jp.fujitsu.com/platform/server/primergy/solution/backup/image/topic03.gif

> さくらインターネットのビジネスプロプランに本番環境を置いているのに加えて、スぺックが落ちますが、スタンダードプランにテスト環境を置いています。
> ただし、バックアップというよりは主にサイト改良のテストに使っています。

仮にスタンダードプランのサーバをバックアップサーバと兼用するのであれば、ビジネスプロプランのEC-CUBEおよびDBの全容量分と世代管理分（過去何回分）を保存出来るだけのディスク容量とサイト改良のテストに必要なディスクを超えるが必要です。

そして、こちらのスレッドを見る限り世代管理の設計やバックアップの設計が出来ていないと思います。
しっかりとした知識がない状態で、仮に自動バックアップを行うと最悪サーバの不具合を発生させ最悪サーバが壊れる場合もありえます。
厳しいようですが、素人レベルの知識では技術が追い付いていないので専門書籍をお読みになるかレンタルサーバ会社のバックアップサービスを利用するか専門業者にご相談をすることをオススメ致します。

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EC-CUBEインテグレートパートナー【ゴールド】ランク
M&I Works
URL: https://miworks.biz/
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返事が遅くなり申し訳ありません。

おっしゃる通りですので、サクラインターネットのバックアップ機能のの方向で進めてみようと思います。

さくらインターネットはバックアップと合わせてステージングと言う機能が提供されていました。

ステージング機能は面白い機能と思いましたがWordPress専用ということでしたので、こちらはあきらめて、バックアップ機能を勉強して使ってみようと思います。

ありがとうございます。