[EC-CUBE] EC-CUBEのバージョン、405
[レンタルサーバ] レンタルサーバ名さくらインターネット
[OS] 使用しているOS名、バージョンFreeBSD 13.0-RELEASE-p12 amd64
[PHP] 使用しているPHPのバージョン7.4.33
[データベース] 使用しているDB名、バージョン
[WEBサーバ] 使用しているWEBサーバ名、バージョン
[ブラウザ] 使用しているブラウザ名、バージョン
[導入プラグインの有無] あれば導入プラグインを記載　この商品について問い合わせる　カード決済プラグイン
[カスタマイズの有無] 受注メールのテキスト化
[現象] EccubeUpdater405to406アッププラグインをインストールに成功し有効化し設定したら以下のエラーが出てどうにもならなくなりました。個人情報の部分はXXXにしてあります。
Warning: include(/home/XXXXX/www/XXXXX/vendor/composer/../../app/proxy/entity/src/Eccube/Entity/Product.php): failed to open stream: No such file or directory in /C/composer/ClassLoader.php on line 444

Warning: include(): Failed opening '/home/XXXXX/www/XXXXX/vendor/composer/../../app/proxy/entity/src/Eccube/Entity/Product.php' for inclusion (include_path='.:/usr/local/php/7.4/lib/php') in /home/XXXXX/www/XXXXX/vendor/composer/ClassLoader.php on line 444

Fatal error: Uncaught Symfony\Component\DependencyInjection\Exception\InvalidArgumentException: Cannot determine controller argument for "Eccube\Controller\Admin\Product\ProductClassController::clearProductClasses()": the $Product argument is type-hinted with the non-existent class or interface: "Eccube\Entity\Product". in /XXXXX/www/XXXXX/symfony/http-kernel/DependencyInjection/RegisterControllerArgumentLocatorsPass.php:164 Stack trace: #0 /XXXXX/www/XXXXX/vendor/symfony/dependency-injection/Compiler/Compiler.php(140): Symfony\Component\HttpKernel\DependencyInjection\RegisterControllerArgumentLocatorsPass->process(Object(Symfony\Component\DependencyInjection\ContainerBuilder)) #1 /XXXXX/www/XXXXX/vendor/symfony/dependency-injection/ContainerBuilder.php(789): Symfony\Component\DependencyInjection\Compiler\Compiler->compile(Object(Symfony\Component\DependencyInjection\ContainerBuilder)) #2 /XXXXX/www/XXXXX/vendor/symfony/http-kernel/Kernel.php(643): Symfony in /XXXXX/www/XXXXX/vendor/symfony/http-kernel/DependencyInjection/RegisterControllerArgumentLocatorsPass.php on line 164

> Warning: include(/home/XXXXX/www/XXXXX/vendor/composer/../../app/proxy/entity/src/Eccube/Entity/Product.php): failed to open stream: No such file or directory in /C/composer/ClassLoader.php on line 444

/app/proxy/entity/src/Eccube/Entity/Product.phpファイルがないエラーでは言っています。
proxyフォルダなので、Product.phpを何かしらカスタマイズしていませんか？

----------------
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
EC-CUBEインテグレートパートナー【ゴールド】ランク
M&I Works
URL: https://miworks.biz/
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>

ありがとうございます。
確かに/app/proxy/entity/src/Eccube/Entity/は空っぽだったのでバックアップファイルの中からProduct.phpをアップしましたところ
Warning: include(/home/XXXXX/www/XXXXX/vendor/composer/../../app/proxy/entity/src/Eccube/Entity/Category.php): failed to open stream: No such file or directory in /home/XXXXX/www/XXXXX/vendor/composer/ClassLoader.php on line 444

Warning: include(): Failed opening '/home/XXXXX/www/XXXXX/composer/../../app/proxy/entity/src/Eccube/Entity/Category.php' for inclusion (include_path='.:/usr/local/php/7.4/lib/php') in /home/XXXXX/www/XXXXX/composer/ClassLoader.php on line 444

！システムエラーが発生しました
大変お手数ですが、システム管理者までご連絡ください。
ログイン画面へ
という表示に変わりました。

とりあえずログインできるようになり、サイトは元に戻った様に見えます。

しかし、エラーが出た時にパニクって有効化−設定の段階で表示された

以下の6ファイルが変更されています。
.htaccess
src/Eccube/Controller/Admin/Content/FileController.php
src/Eccube/Controller/Admin/Setting/Shop/PaymentController.php
src/Eccube/Form/Type/Admin/ProductType.php
src/Eccube/Resource/template/admin/Order/mail_confirm.twig
src/Eccube/Resource/template/admin/Setting/Shop/payment_edit.twig

をバックアップしていた旧ファイルで上書きすれば治るかと思い、新しい方のファイルをバックアップ取らずに上書きしてしまいました。
なにか問題が生じるでしょうか？
新しい方のファイル
src/Eccube/Controller/Admin/Content/FileController.php
src/Eccube/Controller/Admin/Setting/Shop/PaymentController.php
src/Eccube/Form/Type/Admin/ProductType.php
src/Eccube/Resource/template/admin/Order/mail_confirm.twig
src/Eccube/Resource/template/admin/Setting/Shop/payment_edit.twig
はどこかで手に入りますでしょうか？

> Warning: include(/home/XXXXX/www/XXXXX/vendor/composer/../../app/proxy/entity/src/Eccube/Entity/Category.php): failed to open stream: No such file or directory in /home/XXXXX/www/XXXXX/vendor/composer/ClassLoader.php on line 444

app/proxy/entity/src/Eccube/Entity/Category.phpファイルがないエラーでは言っています。
この程度の英語であれば、翻訳サイトで翻訳等をすれば容易にエラー内容は解ると思います...

> src/Eccube/Controller/Admin/Content/FileController.php
> src/Eccube/Controller/Admin/Setting/Shop/PaymentController.php
> src/Eccube/Form/Type/Admin/ProductType.php
> src/Eccube/Resource/template/admin/Order/mail_confirm.twig
> src/Eccube/Resource/template/admin/Setting/Shop/payment_edit.twig
> をバックアップしていた旧ファイルで上書きすれば治るかと思い、新しい方のファイルをバックアップ取らずに上書きしてしまいました。
> なにか問題が生じるでしょうか？

問題が生じるか生じないかは、弊社はsusumuさんのサイトを保守している訳ではないので正確には解りません。
/app/proxy/entity/src/Eccube/Entity/Category.phpや/app/proxy/entity/src/Eccube/Entity/Product.phpなどの様に何らかのカスタマイズをしているのであれば影響がある場合もあるとしかお答えしようがありません。
詳細な確認が必要な場合は、有償になりますが弊社にお問い合わせ頂きEC-CUBEの調査を依頼いただければと思います。

----------------
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
EC-CUBEインテグレートパートナー【ゴールド】ランク
M&I Works
URL: https://miworks.biz/
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>

初心者の質問にも関わらず色々アドバイスをいただきありがとうございました。

上書きしてしまったファイルはgithubから4.0.6−p2をダウンロードして該当部分を修正し事なきを得ました。
テスト受注をしても問題なく動くようになりました。

本当にありがとうございました。