<a>タグなんですね。

だとすると書き込んだjsファイルというものが干渉しているかもしれませんし、<a>要素の上に何か重なってるかもしないですし、今の情報からはなんとも言えないですね。

ブラウザのdeveloperツールでデバッグしてみるしかなさそうです。

少なくとも「jsが効かなくなります。」ということなので、jsのコードを書かないと分からないでしょうね。

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引用：

コードの間違い等再度色々確認してみたんですが、やはり分からず,,,
jsコードはそんなに難しいことは書いていません。

下記js
// カート
const cart = document.querySelector(".cart__navi");
const cartAction = document.querySelector(".action__menu");
const cartBack = document.querySelector(".cart__back");
const cartNone = document.querySelector(".action__none");

// カートに進むor商品が入っていない場合のトグル
if (cart) {
cart.addEventListener("click", () => {
if (cartAction) cartAction.classList.toggle("action");
if (cartNone) cartNone.classList.toggle("action");
});
}

// カートから戻る場合のトグル
if (cartBack && cartAction) {
cartBack.addEventListener("click", () => {
cartAction.classList.toggle("action");
});
}

引用：
javascriptでエラーが確認できました。初めて見るエラーです。

VM9387:1 Uncaught SyntaxError: Identifier 'cart' has already been declared
at w (jquery.js:133:12)
at He (jquery.js:6114:8)
at x.fn.init.append (jquery.js:6250:10)
at x.fn.init.<anonymous> (jquery.js:6344:18)
at U (jquery.js:4171:8)
at x.fn.init.html (jquery.js:6311:10)
at Object.<anonymous> (22:1302:51)
at l (jquery.js:3500:31)
at Object.fireWith [as resolveWith] (jquery.js:3630:7)
at C (jquery.js:9796:14)
w @ jquery.js:133
He @ jquery.js:6114
append @ jquery.js:6250
（匿名） @ jquery.js:6344
U @ jquery.js:4171
html @ jquery.js:6311
（匿名） @ 22:1302
l @ jquery.js:3500
fireWith @ jquery.js:3630
C @ jquery.js:9796
（匿名） @ jquery.js:10057
load（非同期）
send @ jquery.js:10076
ajax @ jquery.js:9690
（匿名） @ 22:1297
l @ jquery.js:3500
fireWith @ jquery.js:3630
C @ jquery.js:9796
（匿名） @ jquery.js:10057
load（非同期）
send @ jquery.js:10076
ajax @ jquery.js:9690
（匿名） @ 22:1279
dispatch @ jquery.js:5430
m.handle @ jquery.js:5234
他 20 件のフレームを表示
一部表示

すでにcartという変数が宣言されているという内容です。

自作された部分のコードを見直してみてください。

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