EC-cubeバージョン：4.2.1系
レンタルサーバ：Xserver
DB:MariaDB10.5

当方、ド初心者で的外れの質問かもしれません。。。
ご確認頂けると幸いです。

①
.htaccessでdenyを設定した場合の挙動に関して、
アクセスしたユーザーは読み込み、実行も出来なくなるのでしょうか？

例えば、下記の場合です。

・.xmlファイルをGoogleのボットに読み込んでもらいたい
・決済代行プラグインのUI部分（お客様情報、クレカ情報入力欄）を画面に表示して、ユーザーに入力・送信してもらいたい
・独自でカスタマイズしたCSSをユーザーに表示したい

②
また、public_html/app に.htaccess(deny all)を設置する事は問題無いのでしょうか？

何卒、ご確認ください。

引用：

簡単にいうとブラウザでそのファイルにアクセスできなくなります。

引用：

public_html配下にappがあるならむしろ必須になる可能性が高いですね。

これがないと、設置方法によってはphpに直接アクセスできてしまってセキュリティ上問題になることがあります。

このあたりは理解してやらないと大変なことになるのでご注意ください。

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あ、すみません4系ですね

一番上にある,htaccessでapp配下もアクセスできないよう制御されてますが、app/.htaccessも別に消す必要はないかと思います

ご確認有難うございます。

ブラウザでアクセスできなくなるとの事ですが、
アクセスの種類までは制御できない感じでしょうか？

・読み込みだけ
・読み込み&実行だけ

CSSやプラグインなど、ブラウザーから改ざんや削除されない様にしたく。
deny from all に設定すると全く見れなくなってしまいました。

.envを本番モードにしたり、パーミッション権限の変更は実行しました。

.htaccessで読み込みだけ許可する？にはどうすればいいのでしょうか？

的外れの質問でしたらすみません。